Hoàng Tông Hy tự là Thái Xung, hiệu là Nam Lôi, còn có hiệu khác là Lê Châu. Giới học giả thường gọi ông là Nam Lôi tiên sinh hoặc Lê Châu tiên sinh. Hoàng Tông Hy gốc người Dư Diêu, tỉnh Triết Giang.

Cha Hoàng Tông Hy là Hoàng Tôn Tố, danh sĩ nổi tiếng của Đông lâm. Hoàng Tôn Tố có tài, thẳng thắn cương trực, không a dua[1].

Năm 1623 lúc mới 14 tuổi, Hoàng Tông Hy đã đỗ tú tài, đến Bắc Kinh sống cùng cha, nhưng vì không hứng thú theo đường khoa cử mà ông chỉ chuyên tâm đọc sách sử.

Năm 1627, thấy hoạn quan Ngụy Trung Hiền chuyên quyền, Hoàng Tôn Tố bèn tố cáo, do đó bị phe cánh của Trung Hiền hãm hại, bắt giam trong ngục rồi chết.

Hoàng Tông Hy thảo sớ tố cáo phe cánh Ngụy Trung Hiền để trả thù cho cha. Khi ông sắp vào đến cung thì phe Ngụy Trung Hiền đã bị lật đổ. Trung Hiền thắt cổ tự vẫn, những nạn nhân của Trung Hiền được giải oan và truy thưởng. Hoàng Tôn Tố được vua Sùng Trinh truy tặng là Trung Đoan công. Xong việc, Hoàng Tông Hy trở về quê tiếp tục học tập.